安装(linux)
依赖：
1.blast
三种方法：conda安装，自动安装，自定义路径
conda install blast
sequenceserver #sequenceserver安装之后运行自动检测 如果不存在，它将自动下载NCBI BLAST +
sequenceserver -s -b /path/to/latest/blast/binaries #自定义路径2.ruby-dev, build-essential和ruby包
sudo apt install ruby-dev build-essential ruby安装和运行
sudo gem install sequenceserver
sequenceserversequenceserver命令配置和运行SequenceServer。如果不存在，它将自动下载NCBI BLAST +，询问包含数据库序列的目录的位置，格式化FASTA文件供BLAST +使用，并在搜索表单中列出它们以供使用。
Could not find BLAST+ databases in: /home/user/database/sequenceserver.
Search for FASTA files (.fa, .fasta, .fna) in '/home/user/database/sequenceserver' and try
creating BLAST+ databases? [y/n] (Default: y).
>> y
#/home/user/database/sequenceserver是自己创建指定的路径
Searching ...
FASTA file: /home/whosy/database/sequenceserver/test.faa
FASTA type: protein
Proceed? [y/n] (Default: y): y #回车
Enter a database title or will use 'test': #回车
Enter taxid (optional): #回车
Building a new DB, current time: 02/16/2021 20:06:27
New DB name: /home/whosy/database/sequenceserver/test.faa
New DB title: test
Sequence type: Protein
Keep MBits: T
Maximum file size: 1000000000B
Ignoring sequence 'lcl|Bvulgaris21006' as it has no sequence data
······
······
dding sequences from FASTA; added 794467 sequences in 23.4606 seconds.
[2021-02-16 20:06:51] WARN Will listen on all interfaces (0.0.0.0). Consider using 127.0.0.1 (--host option).
** SequenceServer is ready.
Go to http://localhost:4567 in your browser and start BLASTing!
Press CTRL+C to quit.
接下来就可以浏览器输入https://yourhostid :4567
记得开放4567端口
sudo ufw allow 4567注：如果要加入新的数据库直接把文件移入数据库文件夹，再次运行即可。
之后再次用nohup命令放到后台运行，即可关掉命令行界面
进阶用法
1.常用选项
下表列出了SequenceServer通过配置文件或命令行选项接受的所有配置值。命令行选项优先于配置文件中的值。
| 配置文件 | 命令行 | 描述 |
|---|---|---|
| ：bin： | -b / --bin | 指示BLAST +二进制文件的路径。 |
| ：database_dir： | -d / --database_dir | 指示BLAST +数据库的路径。 |
| ：num_threads： | -n / --num_threads | 用于BLAST搜索的线程数。 |
| ：主持人： | -H /-主机 | 主机以在其上运行SequenceServer。 |
| ：港口： | -p /-端口 | 在其上运行SequenceServer的端口。 |
| ：要求： | -r /-要求 | 从该文件加载扩展名。 |
下表列出了可用的其他命令行选项。
| 命令行 | 描述 |
|---|---|
| -c / --config_file | 提供您的自定义配置文件的路径位置 |
| -s /-设置 | 在默认或给定的配置文件中设置配置值 |
| -m / --make-blast-databases | 创建BLAST数据库 |
| -l / --list-databases | 列出找到的BLAST数据库 |
| -u / --list-unformatted-fastas | 列出未格式化的FASTA文件 |
| -i / --interactive | 以交互模式运行SequenceServer |
| -D /-展开 | 在开发（调试）模式下运行SequenceServer |
| -v / --version | 打印将要加载的SequenceServer的版本号 |
| -h /-帮助 | 显示此帮助消息 |
简单应用：
#指定自己的数据路径，并创建blast数据库
sequenceserver -m -d /path/to/directory_with_fasta_files
#设置新的数据库默认路径
sequenceserver -c 〜/.sequenceserver.conf -s -d /path/to/new/location/of/database/ sequences
#设置使用自己安装的blast+
sequenceserver -s -b /path/to/latest/blast/binaries2使用ncbi数据库
NCBI提供可公开获取的序列作为预格式化的BLAST数据库，并且可以update_blastdb.pl 使用BLAST分发的脚本进行下载。由于这些数据库很大，因此它们被拆分成多个文件（卷）并与别名文件链接在一起。SequenceServer可与此类多部分数据库无缝协作。除了update_blastdb.pl从NCBI更快下载BLAST数据库外，我们还有一种选择 ：ncbi-blast-dbs。
＃安装ncbi-blast-dbs
sudo gem install ncbi-blast-dbs
＃查看可用的BLAST数据库。
ncbi-blast-dbs
＃下载一个或多个数据库。
ncbi-blast-dbs nt nr
